První písemné záznamy o Chudeřicích jsou z roku 1318. Jedná se o zápis do Zemských desek, který provedl Všeslav příjmením z Chudeřic. Název obce vznikl z čeledního jména lidí Chuderových. Chuderové obývali tvrz, o které jsou další záznamy z roku 1386. Záznam je i z období husitských válek z roku 1430.
V 16. století opuštěná tvrz a okolní dvory přešly k pernštejnskému panství chlumeckému, kde Chudeřice setrvaly až do pádu feudalismu. Poté se osada Chudeřice stala součástí obce Káranice, od které se oddělila v roce 1913 a stala se samostatnou obcí.